该目录涉及的新食品原料食品安全指标包括过氧化值、真菌毒素、污染物和微生物限量；种属基原、食用量、食用和使用方法、生产工艺、发酵菌、副产物和溶剂残留限量等仍按照发布时公告执行；农药和兽药的使用应符合农业农村部的相关规定。监管部门、行业企业等相关机构在“三新食品”的监管、生产和使用中应按照要求执行该公告的相关标准。对新食品原料目录的食品安全标准设置18个月过渡期，在公告前和过渡期内按照原标准和要求生产的新食品原料，可销售和使用至保质期结束。2022年以后公告的“三新食品”的食品安全指标按照发布时公告要求执行。
本次“三新食品”适用的食品安全标准梳理主要遵循以下原则：
一、新食品原料
（一）归类处理原则。现有食品安全国家标准适用的食品类别可以覆盖的产品，对其进行归类处理。菌类按食用菌类、藻类按食用藻类标准执行；植物类中，水果类按有关水果标准执行；直接食用的植物按有关蔬菜标准执行；作为调味品使用的（显脉旋覆花（小黑药）），按照香辛料标准执行。此外，综合考虑产品的原料来源、加工工艺的相近性以及食品安全指标的实际检测数据，对于可以符合相关食品安全标准中对某类食品要求的，参照该类食品执行。食用方式仅限冲泡的产品应归类为代用茶，目前直接列出相关指标，待代用茶的食品安全国家标准发布后，则按照代用茶的标准执行。
（二）既定参照原则。对具有多重身份的产品，如具有新食品原料和营养强化剂双重身份的产品，其食品安全指标基本参照已有的营养强化剂相关标准执行。
（三）个案处理原则。对于现有食品安全国家标准中食品类别无法覆盖的产品，如新工艺合成的或纯度较高的提取物等，基于新食品原料评审会议专家审议通过的企业标准，列出具体指标，并与现有食品安全国家标准制定原则和要求相匹配：原企业标准中，致病菌限定为“不得检出”但未写单位的，统一单位为“/25 g”；大肠菌群指标的限量按照现行食品安全国家标准进行规范；无需制定志贺氏菌、溶血性链球菌、致泻性大肠埃希氏菌以及农药残留等指标的产品，删除该类指标；无需制定微生物指标（如油脂类）和生物毒素指标（如以藻类或微生物为原料制得的油脂类）的产品，删除该类指标；重金属污染物指标统一保留至小数点后一位。
二、食品添加剂新品种
（一）已制定发布相应的食品安全国家标准的品种，其质量规格要求按照相应的食品安全国家标准执行，共涉及156个品种。
（二）尚未制定相应的食品安全国家标准的品种，其质量规格要求仍按照发布公告时规定的要求执行，共涉及59个品种。
三、食品相关产品新品种
（一）考虑到食品相关产品新品种并未设置质量规格标准，因此主要根据品种的功能类别及所批准的使用范围确定其适用的食品安全国家标准，即新品种的使用原则及管理方式应符合相应食品安全标准的规定。
（二）对于公告批准的食品接触材料及制品用添加剂，其适用标准统一为《食品安全国家标准 食品接触材料及制品用添加剂使用标准》（GB 9685-2016）。
（三）对于公告批准的食品接触材料及制品用基础树脂或新材料，其适用标准为使用范围所对应的产品标准，如塑料材料及制品用基础树脂适用标准为《食品安全国家标准 食品接触用塑料树脂》（GB 4806.6-2016），其中对应多个使用范围的基础树脂分别列出相应类别的产品标准。
